El 21 de enero del 2006 tuvo lugar uno de los hechos que más polémica ha creado durante todo el proceso: el pacto Mas- Zapatero. ¿Quién no recuerda la foto, portada en todos los periódicos, del presidente del gobierno estrechando su mano a Artur Mas, líder de la oposición en Cataluña?

El PSC fue quien empezó a preparar el Estatut en 1999, desde la oposición. Fue el mismo PSC el que impulsó la reforma estatuaria cuando ganó las elecciones del 2003. Y, de repente, aquella foto, aquella imagen que mostraba a un Artur Mas resolviendo el conflicto, estrechando su mano al presidente del Gobierno, diciendo, sólo con aquella foto, que CIU era el partido político que había conseguido finalmente llegar aun acuerdo con España, o más bien con su presidente. Falso protagonista, o al menos así lo vieron los socialistas catalanes.
Pero quizás CIU no fue tan falso protagonista como algunos opinaron en su momento. Es cierto que ellos, con el acuerdo CIU-PP del 99, se comprometieron a no retocar el Estatut. Pero eso no significa que no quisieran hacerlo. De todos modos, con el PP de José María Aznar en el gobierno, hubiera sido imposible. Pero una vez que Zapatero ganó las elecciones, con  la promesa de apoyar el Estatut, CIU no podía quedarse fuera. 
 El acuerdo con Zapatero le sirvió a Artur Mas para recordar que los verdaderos nacionalistas son ellos, CIU. Y por otro lado, a Zapatero le sirvió para acallar las críticas del resto de la sociedad española: un acuerdo con CIU siempre sería mejor visto que uno con PSC, ICV y ERC.
¿Y sobre qué pactaron? Precisamente sobre los dos asuntos que provocaron el estancamiento de las negociaciones: la financiación y el término de nación. Respecto al término nación, acordaron no decir directamente que Cataluña es una nación, pero sí que el Parlament consideraba a Cataluña una nación. Y respecto a la financiación, en dicho pacto el gobierno se comprometió a invertir en las infraestructuras de Cataluña, durante los próximos siete años, el PIB que le corresponde en relación al PIB español.
Con este pacto, Maragall se sintió traicionado y ERC se quedó fuera de juego.
Con este panorama, se llevó a cabo la votación en Madrid. Los únicos partidos que votaron en contra fueron el PP, EA (partido que salió de una escisión del PNV) y ERC.
Así pues, después de tanto tiempo, el Estatut fue aprobado con más de la mitad de los votos y, posteriormente, fue sometido a referéndum.